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Acrobatの編集機能は簡易編集程度のもので、複数のページを任意サイズの1ページにすることはできません。
もしAcrobatだけで行うとしたら、印刷時にページサイズを複数にして1×2のカスタムにしたうえで、Adobe PDFプリンターでカスタムページサイズの設定を行って再度PDF生成をする、くらいしかないと思います。
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assauseさんが書かれているように,Acrobatには複数ページを1ページにまとめる機能がないため一括処理はできませんが,ページサイズを変更したりオブジェクトをコピー/ペーストしたりすることは可能です。
「第2次導関数を用いて極値を判定するkk.pdf」を改変したものが「ex.pdf」です。
ページ数・ファイル数が多い場合にはまったくお勧めできない方法ですが,一応の手順は,
・ページサムネールパネルの「ページを挿入」で「新規空白ページ」を「最終」に挿入
・印刷工程ツールの「ページボックスを設定」で偶数ページの「高さ」を,上側のみ広がるようにして倍のサイズに変更
・印刷工程ツールの「オブジェクトを編集」で奇数ページのオブジェクトを全選択してコピーし,偶数ページにペースト
・ページサムネールパネルで不要になった奇数ページをひとつずつ削除
です。「ex.pdf」がご希望のかたちかどうかわかりませんし,もっとスマートな方法があるかもしれません。こんなことならできるという例として,ご参考までに…。