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下記リンクに同様の事例があります。
Solved: After Effects error: There was an error processing... - Adobe Support Community - 9600362
ファイル名に「-」が使われている場合または、IllustratorでCMYKのカラーモードを使用している場合にエラーが出るようです。
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PDF 自身は静止画扱いになると思うので、Photoshop で別の形式に変更にして読み込みなおしてはいかがでしょうか。