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aepを読み込んでいる場合は、リンクされている状態だと思うので元のaepに変更があると新しいプロジェクトの内容も変わってしまいます。
プロジェクト内でコンポジションの複製を作ってみてはどうでしょう。
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画像のようにアニメーションごとにコンポジションを作りそこにレイヤーを入れてたのですがこれとは違いますか?
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読み込んだフォルダーにあるコンポジションは全てリンクされているので、元のaepを削除するとリンクされたコンポジションも消えてしまいます。
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コンポジションの複製とは何のコンポジションですか?
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aepを読み込んだときに追加されたフォルダー内にあるコンポジションです。
プロジェクトパネル内でコンポジションをコピペすれば同じものができると思います。
ただし、動作を確認していないので解決しないかもしれません。
kjr666 さんが「コンポジションを作りそこにレイヤーを入れて」と記していますが、スクリーンショットのコンポジションのタイムラインには、読み込んだコンポジションが配置されています。
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プリコンしなければ保存できるので(画像を使用している場合これも残して)これで対応することにしました!