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映像は、静止画だけでしょうか?
ネスト化している場合は、各コンポジションのフレームレートが同じになっているか確認してみてはどうでしょう。
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フレームレートは全て同じでした。
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リンクコンポのレイヤーが少しずれていたのが原因でした。ありがとうございました。Prのスナップインのような機能があればいいのですが...