バージョンとカラーカラーマネジメントの設定によって挙動が変わります。
バージョン 24.x / Adobe カラーマネジメント
After Effects (24.6.8) で JPEG に直接レンダリング → OK (問題なし)
After Effects (24.6.8) で mp4 に直接レンダリング → OK (問題なし)
Media Encoder (24.6.5) で JPEG に直接レンダリング → OK (問題なし)
Media Encoder (24.6.5) で直接 mp4 にレンダリング → 問題: ガンマが若干異なります。(sRGB を Rec. 709 に強制変換しているのでしょうか？)
バージョン 24.x / OCIO カラーマネジメント
After Effects (24.6.8) で JPEG に直接レンダリング → OK (問題なし)
After Effects (24.6.8) で mp4 に直接レンダリング → OK (問題なし)
Media Encoder (24.6.5) を JPEG に直接レンダリング → 問題: 色が正しくありません。
Media Encoder (24.6.5) を mp4 に直接レンダリング → 問題: 色が正しくありません。
バージョン 25.x / Adobe カラーマネジメント
After Effects (25.5) で JPEG に直接レンダリング → OK (問題なし)
After Effects (25.5) で mp4 に直接レンダリング → OK (問題なし)
Media Encoder (25.5) を JPEG に直接レンダリング → 問題: 色が正しくありません。
Media Encoder (25.5) を mp4 に直接レンダリング → 問題: 色が正しくありません。
バージョン 25.x / OCIO カラーマネジメント
After Effects (25.5) で JPEG に直接レンダリング → OK (問題なし)
After Effects (25.5) で mp4 に直接レンダリング → OK (問題なし)
Media Encoder (25.5) を JPEG に直接レンダリング → 問題: 色が正しくありません。
Media Encoder (25.5) を mp4 に直接レンダリング → 問題: 色が正しくありません。
プロジェクト ファイルとレンダリングされたサンプルは、ここからダウンロードできます。 https://drive.google.com/file/d/1T-q3peQbx6fGFp3PT49AOEc7BIUo8Cr6/view?usp=sharing
adobeの色問題に関しては定期的に悩まされます。
この手のソフトにとって、色の忠実度は最も重要な要素だと思うのですが、バージョンアップのたびに同じ問題が再発するので困ったものです。
Media Encoder のガンマが変わる問題は随分前からあると思いますが、いい加減修正して欲しいです。sRGB（ガンマ2.2）でエクスポートするはずのファイルを、Rec. 709（ガンマ2.4）に強制変換しているのではないかと考えています。そもそもAfterEffectsあるいはPremiereと書き出した色が違うというのは致命的です。
P.S. バグ報告は英語フォーラムにしかないので、そちらにも報告しています。
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