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補足です。
環境はmacOS 12.3 illustrator2022です。
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Illustratorの保存は、いったんランダム名称のファイルを作成し、その後リネームで処理されます。
上書き保存時も、「別名保存のランダムファイル生成→既存ファイルの削除→リネーム」です。
もしランダムファイルだけ残るとしたら、任意セキュリティソフトやフォルダのアクセス制限などの影響が想定されるところです。
(12.3.1でないならそちらにもしてみてください)