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挙動としては書式なしでペーストが効いているように見えます。
Illustratorの初期設定をリセットしてみるとどうでしょう?
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・環境設定「書式なしでテキストをペースト」はチェックOFF
・環境設定初期化でも改善しない
この条件でしたら、クリップボード系の常駐アプリを使っている可能性がかなり高いです。
クリップボード系の常駐アプリには、クリップボードの履歴を保持する際に、クリップボード内を自動的にプレーンテキストにしてしまうものがあります。