情報をご存知の方いらっしゃいませんか？
1. Windowsで作成されたドキュメント（Aとする）を開き、テキストを選択
2. 別のドキュメント（Bとする）を開く
（上記1・2は順不同。ドキュメントを２つ開いてからテキストを選択してもよい）
3. Bのドキュメントを閉じる
そうすると選択していたテキストのフォントが変わります。
Winの場合は「MS 明朝」に、Macの場合は「ヒラギノ角ゴPro W3」になる。
これは、Windowsで作成したドキュメントでは起こりますが、
Macから作成したドキュメントでは起きません。
現在確認しているのは（CS3〜CC2017のうち）CS6、CCの２バージョンのみです。
起きるマシンと起きないマシンがあるので、ほかにも諸条件があるようです。
こちらの環境では、
・OS（Windows10、MacOS 10.10.2、MacOS 10.10.5）
・CS6／CCのリビジョン（16.2.1、16.2.2、17.1.0）
が同じでも起きる・起きないケースがあり、完全に切り分けられませんでした。
GIFはMac（10.10.5）、CS6（16.2.2）での状況です。
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件の返信
この件について、おおよその条件が特定できました。
発現条件：
・保存されたドキュメントを複数開いている
・テキストを選択している
・選択したテキストの文字スタイル（標準文字スタイル含む）にフォント指定がない、
もしくは非アクティブなフォントである
（複数選択している場合は、すべてのテキストオブジェクトが上記を満たしていること）
この状態から、ドキュメントをひとつ閉じると起こります。
もし３つ以上のドキュメントを開いていた場合は、
直前に開いていたドキュメントで起こります（要するに閉じた後でアクティブになるドキュメント）。
アプリケーションデフォルトのフォント＝テンプレートの標準文字スタイルのフォントが問題の本質であり、
どのOSで作られたかには依存しません。
また、この投稿の際にCC2014以降では起きなかったと書きましたが、調査したCS5以降の全バージョンで起きます。
CC2014で起きなかった理由ですが、私の小塚フォントの扱いに起因していました。
私は小塚フォントは必要な場合に必要なバージョンのみをアクティブにするようにしていました。
イラレのデフォルトでは標準文字スタイルが小塚ゴシックですよね。
これが普段から非アクティブであったため、
CC2014以降ではアプリ内蔵の小塚がアクティブになり、起きないように見えていただけでした。
CC2014以降、小塚ゴシックPr6Nがアプリケーション内に含まれていました。
（Mac：アプリケーションのパッケージを表示＞Contents＞Required＞Fontsフォルダ）
この小塚を削除すればCC2014以降も上記発現条件と同じように再現できました。
またCS5、CS5.1でも同様の手順で再現を確認しましたので、こちらは単なる検証不足でした。
参考までに、上記手順でフォントが変わってしまったドキュメントの標準文字スタイルです。
（非アクティブな小塚ゴシックPr6N-Rを標準文字スタイルとした場合）
フォントが変わった後は、ご覧のように標準文字スタイルのフォントファミリとスタイルが空になります。
その結果、WinではMS 明朝に、Macではヒラギノ角ゴ ProNが代替として選ばれるようです。
これもまた参考までに、アプリ内蔵の小塚ゴシックPr6N-Rはバージョン6.020でしたが、
任意でアクティブにした小塚ゴシックPr6N-Rとバッティングした場合は、後者が優先されるようです。
イラレはフォントバージョンの確認方法がないため、エディタで開いてバージョンを探すしかありませんでした。
あくまでもその状態（エディタで開いたもの）での確認なので、本当かどうかは確証ありませんが。
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