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OSX10.11.6でCS6を使用、イラレで作ったファイルをMac-miniサーバへ保存しようとすると「イラストレーションを保存できません。必要なアクセス権がありません。-5000」とでますが、ファイルサーバなので他のMacからは同じアカウントでログインして問題なく保存できています。保存してあるものを開いて修正後に保存しようとすると「このファイルは読み取り専用であるか、他のユーザーが開いている可能性があります。ドキュメントを別の名前で保存するか、別のフォルダーに保存してください。」と出ます。
この操作をしているのでしたら、そもそもIllustratorは、ネットワーク経由でファイルを開いて保存すること(=サーバにあるファイルを開いて保存すること)はサポート外です。
ネットワークとリムーバブルメディアに関する Illustrator のサポート
上記の公式ドキュメントでも、様々な問題が発生しやすいと詳細に説明していて、「Adobe Systems は、ネットワークやリムーバブルメディア製品などのトラブルシューティングをサポートしません」と明言しています。
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他のマシンなどで同じファイルを開いた際、アプリケーションが強制終了した、などの理由でファイルサーバー上のアクセス権がおかしくなってしまったのではないでしょうか。
PCをいったん再起動してみるか、サーバーの管理者に相談してみてはいかがでしょう?
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この操作をしているのでしたら、そもそもIllustratorは、ネットワーク経由でファイルを開いて保存すること(=サーバにあるファイルを開いて保存すること)はサポート外です。
ネットワークとリムーバブルメディアに関する Illustrator のサポート
上記の公式ドキュメントでも、様々な問題が発生しやすいと詳細に説明していて、「Adobe Systems は、ネットワークやリムーバブルメディア製品などのトラブルシューティングをサポートしません」と明言しています。