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今回の原因とは異なると思うのですが、私がいま少し試してみたところでは、Premiere Proの「カラーバーとトーン」で作成したクリップではおっしゃる通り「一致しない(分析するラウドネス-1.00LUFS)」とでました。
上記のクリップをMP4で書き出してPremiere Proに読み込んだファイルでは問題なく動作して-23.0LUFSになりましたので、音声の内容(正弦波)が問題ではないと思いますので、残念ながらgcg65083026さんのお手元で起きている問題の原因まではわかりません。
些細なことでも構いませんので、問題が起きる音声と起きない音声の違い(ファイル形式、音声の内容などなど)になにか共通点はありませんでしょうか?