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Media Encoderを使用してエンコードしようとするととてつもなく遅いとのことですが、ログファイルは確認されましたでしょうか？
どのバージョンでも、どのプロジェクトでも発生する、ソフトウェア処理だとうまく行くとのことですので、なんとなくハード周りの不具合のような気もしますが、ログを見ると何か手がかりがあるかもしれません。
【参考】
どのバージョン、どのプロジェクトも「64％」という全く同じ数字で先に進まなくなるという点からは、特定の組み合わせなどでしか発生しない未知のバグの可能性もあり得そうに思うのですが、皆さまおっしゃる通りGPU周りの問題である可能性が高いと私も思います。
少し異なる切り口で、GPUで行われる主な３つの処理「レンダリング」と「エンコード」、そして「デコード」を分けて考えてみるといかがでしょうか。
なお、NVIDIAのドライバは推奨されている「最新のSTUDIOドライバー」が入っているものとして進めてみます。
>・映像シーケンスを表示にしても、ソフトウェア処理にしてシーケンスをレンダリングしてエンコードすると上手くいく。
シーケンスのレンダリングは、デフォルトでは書き出しに影響しませんのでこの「上手くいったケース」は「CPUによるレンダリング」と「GPUによるエンコード」での書き出しかと思います。
この点からは、「GPUによるレンダリング」で問題が発生している（もしくは何らかの事情で速度がとても遅くなっている）ことが考えられます。
一方で、
>レンダリングもおっしゃる通り、全て緑色でTLでの再生も問題なくできます。
この「レンダリング」（正確にはプレビューレンダリング）の際、レンダラーとして「GPU高速処理 (CUDA)」を使用する設定になっていたとしますと、「GPUによるレンダリング」と「CPUによるエンコード（ビデオプレビューのコーデックでのエンコード）」でも問題が出ていないということになるかと思います。「GPUによるレンダリング」での問題ではないという、先ほどと矛盾する結果とも言えます。
そこから、「GPUにてレンダリングとエンコードを同時に行うと不具合が出ている」という仮説を立てまして、
・「プロジェクト設定」の「レンダラー」は「GPU高速処理（CUDA）」
・「書き出し設定」の「エンコード設定」の「パフォーマンス」は「ソフトウェアエンコーディング」
という組み合わせで書き出しをお試しいただくといかがでしょうか。
この場合、エンコードはCPUで行われるのでハードウェア処理より遅くなるかもしれませんが（どの処理がボトルネックになるかにより遅くなる率が変わります）、レンダリングはGPU処理なので、
>GPUアクセラレーション対応のビデオトランジションを使うことがあるので、できればGPU高速処理でエンコードしたいです。
というご要望には沿った状況になります。
※ちなみに、GPU高速処理で処理されるエフェクトの処理内容は、「エンコード」ではなく「レンダリング」です。少しややこしいかもしれませんが、ご参考URLはこちらです。→GPU アクセラレーションレンダリングとハードウェアエンコーディング
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