オーディオのプロパティに表示される「圧縮」は、音声のコーデックが非圧縮ではないという意味かと思います。
しかしながら、AC3音声については、おっしゃる通りコンプがかかってゲインが上がってしまい、瞬間的なピークがクリップしてしまう現象が発生するケースがあります。
（NXCAMを含むAVCHDの素材で問題になります。ごく一部のAVCHD収録機材では、この症状が出ないものもあります。）
これは、Premiere Proからドルビーデジタルのデコーダーが削除されてOS搭載のデコーダーを使用するようになってから発生するようになった問題でして、おそらく現在も解決していないものと思います。
AC3の規格で再生環境に合わせてコンプをかける機能があるのですが、それが悪さしているのだと思います。
（映画のDVDやBDをご家庭で再生するときに役立つ機能ですね。）
私自身はAVCHDは極力使用せず、NXCAMはLPCMにするかXAVC Sにて収録するといった対策を取っていますが、それができない場合でかつソニー製のカメラを使用している場合には、SONY Catalyst Browseで一旦スパンドクリップを結合し、再び Catalyst BrowseでXDCAM 50MのMXFにトランスコードするなどして対応しています。
そのほか、100時間を超える膨大なAVCHD素材があり、ストレージの都合でトランスコードでビットレートを上げたくなく、かつ画質の劣化も許容しがたいケースでは、映像は再圧縮せず無劣化のまま、音声のみLPCMに変換できるソフトを用いたりもしておりました。
ちなみに、この影響を受けるのはPremiere Proに限らず、他社製のソフトでも同様の問題が生じるものがありました。
（古い情報で恐縮ですが、2018年ごろに検証した際には、Premiere ProのほかFinal Cut Pro XやDaVinchi Resolveでも同様の症状が出ていました。）
【追記】
本文中で「映像は再圧縮せず無劣化のまま、音声のみLPCMに変換できるソフト」の名前を書き忘れていたので追記します。
有料のソフトで「TMPGEnc MPEG Smart Renderer」というものを使用していました。
フリーソフトでも、同様の変換ができるものはあるのですが、AVCHDが使用している「トランスポートストリーム」という形式の特性上、ファイル前後の数フレームは再圧縮をかけないとトラブルの元になることがありますため、注意が必要です。
また、AVCHDのスパンドクリップを適切に結合したうえで変換できるか否かもポイントになってくるかと思います。
（私は、クリップ名が重複しないよう撮影日時にリネームする作業も含めて、Catalyst Browseを使うことが多いです。）
音の不具合対策のために映像を劣化させるのは少し不本意ではありますが、フリーソフトを使う場合にはAC3のコンプレッションがかからないソフトで映像もろともMP4などに変換した方が、シンプルでトラブルが少ないように思います。
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