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エラーメッセージの内容が正しい(Premiere Proのバグなど不具合ではない)と仮定しますと、リンクさせようとしているファイルが本来のファイルとは異なるものを選んでいる状況のように思います。
いま手元のWindows環境(Premiere Pro v14.9)で試すと、オフラインにしたオーディオ(wav)ファイルに対してMP4ファイルが再リンクできてしまいまして、少々挙動が怪しい気もするのですが、念のためファイルの拡張子や種類を含めてご確認いただいたり、そのファイルは飛ばして別のファイルのリンクを試していただくといかがでしょうか。
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少し試してみましたが結論から言うとよくわからないです。
なので手間ですが、問題のエラーが出ているファイルは手動で再リンクするのが得策かと、、、
試した内容として
(前提として今回問題の起こったエラーの対象ファイルは移動以外の変更を加えていない)
・ファイルの移動:私の環境では再現せず
・名前は同じだが異なるファイル:自動再リンクされる
・拡張子を手動で強制的に変更した異なるファイル(名称は同じ):自動再リンクされる
動作的に再リンク時にMD5っぽい動きをしていないのでなぜだろうという結論でした。