変換先の25Fは50.00i（インターレース）でしょうか。予算次第では高性能な変換機を持っているプロダクションに変換を依頼した方が綺麗だと思いますが、Adobe CCのみで完結させる前提で書いてみます。
今後国内で再使用するなどのために、素材に忠実な（フレームレート変換されていない一番綺麗な状態）完成作品が必要な場合は、
「一旦30Fで編集を行って、その後メディアエンコーダーなどで25Fに書き出しの時点でフレームの変換」
の手法をとるのが無難かと思います。
しかしながら、専用の方式変換機を用いる方法より品質が劣りますので、編集で入れたテロップの輪郭（主に横線）がフワフワと周期的にぼやけてフリッカーのような現象が発生したり、比較的綺麗に変換できる「オプチカルフロー」を使用した場合は、編集点（カット変わり）で画像の崩れがでてしまいます。
50i納品でできるだけクオリティを高く維持したいという場合には、
「設定を25Fにしたシーケンスにそのまま６０F素材を入れて設定を25Fにしたシーケンスにそのまま６０F素材を入れて」
の手法を取りますと、テロップは綺麗に保たれ、編集点の画ダブりや乱れがありません。タイムラインに載せた59.94iの素材は「右クリック」→「補完」→「オプティカルフロー」を選ぶと大抵は良い感じに変換してくれます。
59.94iから50iへ変換した映像のクオリティをパソコンモニターで確認するのは難しく、AJAやBlackMagicなどのビデオ出力インターフェース経由で50i対応モニター（もしくは50i放送地域のテレビ）で見ないと判断できないので難易度が高いのですが、私が試した感じでは上記2つめの「50.00iのシーケンスで編集」にて無難なクオリティが得られると思います。
なお、動きが激しい映像では「オプティカルフロー」が破綻して映像が崩れて見えるかもしれませんので、そのような素材は「フレームブレンド」をお使いいただくと崩れは無くなります。「フレームサンプリング」の方は若干動きがギクシャクしますが、素材によっては好ましい場合もあるかもしれません。
また、動きの速さが多少変わっても気にならないような素材（山々の風景などなど）は、プロジェクトウィンドウで素材を「右クリック」→「変更」→「フッテージを変換」でフレームレートを25.00fpsにしておきますと、約83%のスローとなりますが映像の補間がかからないため、きれいに見えると思います。
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