このような現象は、素材に起因するケースとオーディオハードウェアなどの設定に起因するケースがあります。
問題の切り分けのため、「すべての素材」で音声がスローになってしまうのか、一部の素材のみスローになってしまうのかご確認いただくといかがでしょうか。
もし、素材が同じソフトや機器で収録したものしかない場合には、HandBrakeなどのファイル変換ソフトで変換してから読み込んでみることで、問題の切り分けができると思います。
また、
>オーディオやシーケンスの設定を少し触りましたが、
とのことですが、どのように設定を変更していただいたかが分かりませんので既に行われていることと重複してしまうかもしれないのですが、「環境設定」の「オーディオハードウェア」のデフォルト入力を「入力なし」、デフォルト出力をMacBook Proの内蔵スピーカー（表示名は環境によると思います）にしていただき、「環境設定」の「再生」の「Mercury Transmitを有効にする」のチェックを外したうえでお試しいただくと、いかがでしょうか。
過去の例などをふまえますと、どちらかと申しますと素材を変換して解決することが多いのではないかなと思います。
ひとくちにMP4と表現しても、中身の種類は（コーデックのパラメータを含めると）膨大な組み合わせがありまして、「Aというソフトでは問題無いけれどもBというソフトでは問題が起きる」ということがしばしば発生します。こればっかりは「そういうもの」だと割り切って作業するしかないのではないかと、個人的には思います。
ちなみに、ファイル変換ソフトは「Hand Brake（https://handbrake.fr/ ）」がよくつかわれるようなのですが、使い慣れた他のソフトがある場合にはそちらをお使いいただいてももちろん大丈夫です。とりあえず、正常に読み込みできているQuickTime Playerで書き出してみるというのも一つの方法かと思います。
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