AVCHDの音声で問題が生じた場合は、おっしゃる通り「メディアキャッシュ」を全削除（厳密には問題が起きているAVCHDファイルの音声キャッシュの削除でOKですが）で直ることが多いのですが、それでダメとなると「音ズレしないバージョン、もしくはカメラメーカー提供のソフトなどでMOVやMXF、MP4に変換する」方が、後々安全かもしれません。
映像コーデックの変換が伴いますと多かれ少なかれ画質の劣化が生じますので、用途に合わせて変換先のコーデック・形式を選ぶ流れになります。
私の場合、地デジ程度の品質で良い場合にはXAVC HD Long形式のMXF、画質重視の場合にはProRes 422 HQのMOVを選んだりしますが、ここ最近はPremiere ProにてMXFファイルの挙動がやや心もとないので、ビットレートを十分高くしたH.264のMP4あたりでも良いかもしれません。
今回の場合、Premiere Pro v24.5では問題が無いとのことですので、この問題が無い状態でMedia Encoderで安定して扱える形式に変換してしまってから編集を行うことで、ゆくゆく同編集プロジェクトをPremiere Proをアップデータした環境で扱わざるを得なくなった際にもリスクが少ないと思います。
ちなみに、AVCHDはコンシューマー向けのBlu-rayディスク（BDMV）の技術をベースにした記録方法なので、実は編集用の素材としてはあまり適した構造にはなっていません。また、ドルビーデジタルの音声は、読み込み時にレベルシフトや不要なダイナミックレンジコンプレッションがかかる恐れがあります（AG-UX90の素材で発生するか否かは未確認です）。
AG-UX90をお使いとのことですので、ファイルサイズが大きくなってしまいますものの、ゆくゆくは記録形式をMP4やMOVに変更していただくことも、検討する価値があるのではないかと思います。
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