Minha sugestão é que ao seleiconar configurações de renderização, o premiere deixe por padrão a opção gravar legendas no vídeo selecionada, independente da situação. Pois, por exemplo, se fiz diversas modificações em uma legenda para construir ela corretamente, é óbvio que quero ela gravada no vídeo final.
Atualmente estamos enfrentando um volume muito maior de envios para redes sociais e com isso muito menos tempo para revisão e muito menos situações onde podemos precisar da legenda exportada separadamente.
Não deixar essa opção previamente selecionada faz com que diversos vídeos sejam entregues sem legenda, mesmo ela feita. Também é preciso pontuar que muitas vezes as modificações que fazemos na tela de renderização não ficam salvas e isso aumenta a chance de que a legenda não seja gravada.