OS、Lightroomのバージョン、取り込み手順の違いなのか分かりませんが、新たにフォルダを作成して読み込んでも、ファイルの順番は同じままでした。
PC内にフォルダを用意して画像を手動でコピー後にLightroomに読み込んでいます。
また、メモリーカードから読み込む際に自動で作成される日付のフォルダにコピーされる際にも順番の変更がありませんでした。
という事から考えて、並び替えが変わってしまうのがデフォルトの動作でない可能性を疑って、環境設定のリセットを行ってみてはどうでしょうか?
それでも解消しない場合は、読み込みの際の特定の操作の中に不具合が発生する手順(条件)が含まれている可能性があります。
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