PDFをWordに変換しましたが、日本語の文章がページによって文字化けしています。

Export PDF（および製品版Acrobat）での変換についてはベストエフォートになり、

元データの状態などにも依存するものになっていますから、

変換後に、必要に応じて手作業での修正を行うことが必要になります。

PDF自体はあくまでも完成した最終データと同じ状態ですから、

そこから別の編集形式に一発で変換するというのは、かなり難しいものだと思ったほうがいいでしょう。

これはAdobe製品に限らず、他社製品などでも原則としては同様になるところです。