アナログ絵を使ってafter effects でアニメーションを作りたい

キャラクターと背景に分割は、Photoshopでキャラクターだけを切り抜いて背景は透明にします。
背景は、キャラクターを切り抜くと穴が空くので、追加で書き込むか新たに１枚絵の背景を作成して、After Effectsに読み込みます。
アニメーションはキャラクターの形にもよりますが、設定が簡単なのはパペットツールになります。
https://helpx.adobe.com/jp/after-effects/using/animating-puppet-tools.html

全般的な使い方は、下記チュートリアルも参考にして下さい。
https://helpx.adobe.com/jp/after-effects/tutorials.html

キャラクターアニメーション用のスクリプトやプラグインも有料・無料含めて色々リリースされているので、After Effectsの操作に慣れてから、研究してみてください。

参考動画：
(Duik 無料) https://www.youtube.com/watch?v=iGZ00LKBOvE
https://aescripts.com/bao-bones/
https://www.battleaxe.co/rubberhose