書き出した動画の色について

MacBook Pro搭載のディスプレイの色域はDisplay P3だと思いますので、おそらく今回の問題はシステムガンマと色域の２つの違いが原因になっているかと思います。

本来は適切なカラーマネージメントを行うべきところなのですが、これがなかなか複雑で難しいものです（カラーマネージメントの考え方はシンプルなものなのですが、入力・作業中・出力・モニタリングなど多岐にわたるので、パイプラインすべてを正確に理解している必要があるので……）。

いずれにしましても、以前のご返信で

>動画は結果YouTubeに上げる必要があります。

とお書きいただいていることから、YouTubeやQuicktime Playerの表示を基準として制作していただく必要がある状況かと思います。

Apple製品の環境とWindowsやYouTube対応テレビなどの環境で表示ガンマが異なったり、そもそも同じ規格でも製品によって性能や設定のばらつきで色味が異なるので「全ての人に同じ色味で見せる事」は不可能です。

ただ、だからと言って色の管理をあきらめるわけにはゆかないので、コンテンツの制作者は一定の基準に沿って制作を行います。その第一歩が、カラーマネージメントであるといえるかと思います。

After Effects での色の管理 

私はWindows上でPremiere Proをメインで使用しており、さらに「Rec.709 + BT.1886」基準の制作が多いので外部モニターで色の管理をしておりまして、あいにくMacの内蔵ディスプレイを用いたAfter Effectsのカラーマネージメントについては詳しく存じ上げておりません。

お詳しい方から助言を頂けるとありがたいのですが、表示ガンマ1.96は選べないかもしれませんものの（その場合一時的にガンマ補正を掛けて見る手もあります）、正しい設定にしてやることで色域は正しい状態で見ることができるのではないかなと思います。

VLCの映像は、After Effectsから書き出された映像そのものですから、保存する必要はありません。
VLCの映像は、Windowsやテレビで再生するのと同じように見えるので、何もしなくて良いと思います。

AppleのQuickTime Playerだけで起きる事なので、QuickTime再生専用にするなら、別のカラー設定をした動画を新たに作る必要があります。

例えば、ガンマシフト対策のLUTで調整する方法もありますが、シリコンMacに対応したものを探さなければなりません。
以前は、下記スレッドにシリコンMac用LUTリンクがあったのですが、リンク先が削除されたようです。
解決済み: Re: 書き出し時にQT Gamma Compensation.cubeを選択すると動画が表示されな... - Adobe Community - 11785585 

別の方法としては、PremiereでQuickTime用のプレビューにして自分でカラー調整することができると思います。