比較明合成をAEでやりたい。

After Effectsも合成モードに「比較（明）」があるので出来ると思いますが、大量の写真を使用して合成する場合は、解像度が高すぎて動作が不安定になる恐れがあるので、星の軌跡を作成するのは無理かなと思います。

試してみる方法として、

Photoshopで合成して、一つのフォルダーにファイル名を連番（シーケンス）で保存してから,
After Effectsでシーケンスファイルとして読み込めばアニメーションになります。
比較明合成についてはPhotoshopのチュートリアルを参考にされると良いと思います。