読み込むと色が暗くなる

お使いのバージョンとOSのバージョン、それとQuickTImeのバージョンも記載してください。

ガンマ値の違いによる現象だと思われます。

当方の経験では、Windows版After Effectsで出力したファイルをQuickTimeプレイヤーで再生すると、白っぽい映像になり、ブラウザーChromeで開くとガンマ補正されるためか？、After Effectsと同じ明るさになっていました。