透過できているはずの場所が透過されていない状態になっている。

混乱されていると思うので質問内容を個別に書き出して返答してみますー。

Q；iPadでパーツ分けした絵を透過保存(appleの写真というアプリに保存しました)
A；どのようなソフトで保存されたかによって透過が実装されたかどうかが異なるのでここに問題があるのかの判断は難しいです

Q；appleの写真というアプリで見たら透過できているはずの所が透過できておらず白になっており
A；私の環境（Sonoma）でも写真アプリ上では透過情報は白く表示されていますので正常動作かと思われます。

Q；after effectsを開いた状態で写真アプリを開いてドラックandドロップしているのですが、この方法でやると透過できていない状態になってしまうのですか？
A；私の環境（Sonoma）では写真アプリからAfterEffectsへドラッグしても透過情報は反映されていました。が、
写真アプリを経由したドラッグは静止画、動画どちらも昔から挙動がおかしくなることがあるため一度デスクトップやフォルダ内に移動をしてからAfterEffectsに読み込んでいただくことをおすすめします。

Q；白抜きする方法などなんでもいいので教えて下さい。
A；いくつか方法はありますがリニアカラーキーを使うのが楽かと思います。下記にどんな感じで抜けるかを添付しておきます。