【After Effects】リピーターで複製した線にそれぞれ別の色をつけることはできないでしょうか？

「グラデーションの塗り／線」で大まかに色を変える方法しかないと思います。
アップされているスクリーンショットの設定だと、「リピーター」の上に「線」があると思いますが、配置の順番を変えると効果も変わってきます。

線の色を固定したい場合は、１本のシェイプを複製して色を変える方法になると思います。
位置やスケールなどのプロパティは、エフェクトの「エクスプレッション制御」を使用して各レイヤーを同時にコントロールすることは可能です。