AfterEffectの使い方が分かりません。

いくつか機能が合わさって結果的に見えなくなってしまっています。

マスクの概念はAeでは必須になってしまうので、下記のサイトを見ていただくと今の症状がマスクによって発生している状態というのが分かりやすいかと思いますー。

https://helpx.adobe.com/jp/after-effects/using/creating-shapes-masks.html

イラストを動かすだけなら「選択ツール」で出来ますが、ペンツールで必要な箇所だけを描いた場合は、マスクの機能で必要な部分しか表示されません。
レイヤーを展開して「マスク」の項目にあるモード「加算」などを変更すると表示が変わります。