Cinema 4Dとの連携について

CINEMA4DがバンドルされてプラグインのCinewareを使えるバージョン以外は、3Dオブジェクトを読み込むことはできません。

例外として、After Effects CS4 はPhotoshop CS4 Extended（またはCS3)と連携して、3Dモデルを読み込みできたことはあります。

CS6で3Dモデルを読み込むには、サードパーティのプラグインを購入してインストールすればできます。

利用できる3Dのファイル形式は、プラグインによって異なります。

CINEMA4Dのように、モデリングからシーンのレイアウトまで出来る3Dソフトを使う場合、3Dソフト上でカメラ・ライトの追加やオブジェクトのアニメーション作成まで行い、EXR形式などの 連番シーケンスファイルに レンダリングして書き出します。

After Effectsに読み込んで色調整・レンズブラー・モーションブラー・レンズフレアなどを追加したり、また、2D画像と合成する編集が、After Effectsと３Dソフトでよくある連携だと思います。

2D画像を合成するためのデータをAfter Effectsで入出力する為のプラグインは、各3Dソフト側で用意していると思います。

3Dソフトは使い始めだと思いますが、3Dソフトを使うと動作は軽い・機能は多いし、レンダリングは、おそらくAfter Effectsより綺麗に速く出来ると思うので、色々試してみてください。（Cineware利用時のレンダラーが製品版のレンダラーと同じ場合は、間違っているので訂正します）