ClearPlusプラグインについて

憶測ですので間違っておりましたらすみません。

Q：WebからDLしたり、他の人からもらったプロジェクトを開くたびにClearPlusをインストールしてくださいというメッセージが出てくる

A：プロジェクト内にClearPlusという有償のエフェクトが使われているため表示されます。
メッセージは一旦スルーし、ClearPlusが使われているクリップを探しエフェクトから削除することで次回以降は表示されません。

またはClearPlusを購入しインストールして上げることで改善します。

環境設定をリセットしてはどうですか。

https://helpx.adobe.com/jp/after-effects/using/preferences.html

どのようなメッセージか確認するため、スクリーンショットをアップできるでしょうか。

スクリーンショットの撮影は、
Windows：アプリ「Snipping Tool」
Mac：ショートカットキーShift + Command +3または4
Mac 画面収録（動画）：Shift + Command +5

また、インストールに使用したアプリは、何でしょうか。