動画のなかにボタンを加えるようなことは可能でしょうか？

All-New-Captivate でボタンを追加しようとした場合には、必ず画面下部に追加されるようになっています。
すでに見本として作っていらっしゃるので、この操作はご理解いただいているかと思います。

一方 Captivate Classic の場合はオーバーレイのスライドを重ねる編集が可能であり、そのスライド上にボタンを配置し、スライドの透過度を上げることにより、動画の上にボタンが重なっているような編集をすることが可能です。

ボタンを配置する位置の自由度も高いです。
ただし、そのスライドが表示されている間は動画の再生は停止します。

個人的には今回いただいている、いくつかの質問を見ているとClassic版をお使いになった方が相性がよいのでは、と思う内容が含まれています。
ただし、いつまでClassic版を利用できるか、確かな情報もなく、また、互換性はないため、制作されたものが後になって再編集できないというリスクもありますので、お勧めすることは控えます。

個人的に私だったらどうするか、になってしまいますが、

１　分岐ボタンを発生させたい箇所の動画を画像化し、その画像をスライドに反映し、ボタンを配置します。
２　動画は２分割し、１で作成した前後につなげて、スライド３枚で制作します。

Captivate Classic を試されるのでしたら、Welcome Windowのリソースのタブに配置されたサンプルプロジェクト、右上のInteractive Videoを再生なさってください。

このプロジェクトがイメージに近いのであれば、Captivate Classic を利用する価値あり、かもしれません。

参考になれば幸いです。