イラストレーターでPDF印刷すると下の画像が透けて見えてしまう

被写体が機械のようにカッチリしていて、フサフサ部分がなく、
ペンツールが使える（対象が直線囲みで済む、またはベジェ曲線が思うように扱える）のであれば、
今回はクリッピングパスの利用がおすすめです。

・作業用パスをカチカチして保存。「パス 1」とか自動で名前がつきます。

・パスパネルメニューから「クリッピングパス」平滑度は空欄のままでいいです。

クリッピングパスに指定されたパスは名前がちょっと太ましくなります。

これで保存した画像をIllustratorに配置すると、クリッピングパスで囲んだ領域で切り抜かれて表示されます。

クリッピングパスの利点は

・修正が楽　　本当に消してしまった絵柄は戻ってこないため。

・画像解像度に依存せずエッジがシャープ

・eps運用ならこれ一択（epsはもはや相当古い方式で全然おすすめできないのですが）

今回、「どうしてこうなったのか」については外野からは想像しかできませんので、

素直に切り抜き前の画像からやり直したほうが早いです。