イラレのデータをコピーして新規書類にペイストして印刷すると色が大きく変わって困っています

その後進展がないようですので、

こちらで似たような事例がありましたので、参考までに、報告します。

入稿された書類Aから、別バージョンのBを作るよう指示があり、

書類Aのオブジェクトをコピー、新規書類Bにペースト、

編集作業後プリントしたら、

同じ色であるはずの箇所が違う色でプリント出力されました。

原因は、既に皆さんが指摘しておられる、プリンターの設定（？）でした。

プリントダイアログの中の「カラーマネジメント」項目の「プロファイル」がAは「RGB」、Bは「Japan Color」と異なる設定であった為に違う色で出力されてしまいました。

この項目は、そのファイルが前回プリント出力された設定を保持しているようですので、アプリケーションの設定とは別に、書類毎に違う設定なっていることもあるようです。

「プリンターの設定」といってもどこのことなのか、

確認箇所がニコニコプンさんと他の方で違っているのではないのかと思い、

コメントさせていただきました。

違っていたら、無視して下さい。

EPS画像をPhotoshopで開いて、別名保存でプロファイルの埋め込みにチェックして保存してから作業すると治りますか？

元々Adobe RGBな画像が、強制的にsRGBに割り当てられて赤くなっているんだと思います。

※RGB画像にはプロファイル埋め込むのが原則です。

今回の場合、ドキュメントのカラーモードは何でしょうか。

同時に、プリンターがPostScript対応かどうかも気になります。

配置しているのがEPSであればPSプリンタでの出力が前提になるためです。

あわせて、aiファイル（PDF互換)にした場合はどうなるのかもあります。

同時にPDFとして別名保存し、Acrobat上での出力プレビューでの数値も確認が必要です。

いずれにしてもそのデータだけで起きているならデータ固有ということもあるので、

そこはデータ状態から原因をつきつめていくしかないところです。