イラレのリンク画像が、開くパソコン（リモート）によって別の画像（データ名は同じ）をリンクしてしまう。

リモートであればツールによって、接続元の環境が反映されることがある状態です。

よって、ローカルとは環境が変わったのと同じ状態になります。

いずれにしてもその利用そのものが保証されないものと考えたほうがいいと考えますがどうでしょうか。

パフォーマンスその他や、他社フォントを利用している場合にはそのライセンスなども考慮すると、自宅で実機を利用して運用されるべきでしょう。

（日本の各社フォントのライセンスはリモート接続での運用を許諾していないことがほとんどです）

aiファイルと画像ファイルをどんなフォルダ分けで置いているのか教えてください。

まず、Illustratorのリンクはフルパスで記録されているため、基本は「同じマシンで開く」なんですが、マシンが変わったりした場合Illustratorが自動的にリンクを検索して繋ぎ直します。検索しても何も出ない時以外、アラートは出しません。

https://tama-san.com/how-illustrator-looks-for-linked-files/

Creative Cloud Files「から」リンクした場合、リンクのパスは

/ユーザ/（ユーザー名）/Creative Cloud Files/〜〜〜〜〜

となるため、ユーザー名の異なる別マシンで開くと必ずリンクを検索に行きます。上記URLで書かれている順番でリンクを探し、見つかったらアラート無しに繋ぎ直して開いています。作成者・本社で正常にリンクされているのはIllustratorが検索して繋ぎ直した結果うまくいった、というだけです。

ですので、開いたaiファイルをどこに置いていて開いているのか、とか、リンク画像等が全てaiの入っているフォルダ中にあるのか、とかが問題になってきます。画像フォルダをaiファイルのあるフォルダの外に置いてリンクさせてたりしないか、とかですね。

ちなみにCCライブラリ経由だと全リンクが「ライブラリ/（ライブラリ中のフォルダ名）/〜〜」となり、リンクは切れません（ちゃんと共有できていれば）。

保存後のデータを一式別媒体へコピーした場合など、同じ名前の別な画像へリンクされてしまう現象は以前から認識していましたが

今回の状況は

作成者…リモートでローカルで作業、保存後にCreative Cloud Files上に一式をコピー

本社…作成者とは別、代表アカウント

でしょうか？