イラレの最上階層の非表示レイヤーを一括削除したい

1. レイヤーパネルで「最上階層の非表示レイヤー」を選択する。

2. レイヤーパネル右下のゴミ箱アイコンをクリックする。

これで「最上階層の非表示レイヤー」のオブジャクトを一括削除できると思うのですけど、そういうことではなく？ 聞きたいことがそういうことではないのでしたら、もう少し丁寧な質問が必要です。

なお、.ai形式はファイル内部で「レイヤー付きPDF」が生成されるので、Illustratorネイティブの非表示レイヤーは、そのままPDFの非表示レイヤーとして保存されます。それが印刷時に表示されてしまう事故はありえます。

まず、Illustratorのバージョンは何でしょう？ 合わせてOS等の基本情報も記述したほうが良いです。また、もう少し具体的な手順を記述したほうが良いでしょう。
ちなみにCatalina上のver25.2.3ですが、非表示レイヤーや非表示オブジェクトはPDFに書き出されないのではないかと思います。非表示レイヤー上の非表示オブジェクトもオブジェクト→全てを表示としても表示できないのではないでしょうか。