カラーコードが保存するたびに変わる

カラーコードはRGBそのものだからです。

RGBのR、G、B各チャンネル0〜255の10進数の数字を、00〜FFの16進数で表現しているだけのものです。

ですので、CMYKしか扱えないCMYKドキュメントで、RGBカラーコード指定は行ってはいけません。

CMYKのドキュメント上で指定したRGB値は、

①カラー設定の作業用RGBプロファイル

から

②ドキュメントが持っているCMYKプロファイルか、CMYKプロファイルが埋め込まれていなければカラー設定の作業用CMYKプロファイル

に、色をできるだけ変えないように数値変換されます。CMYK値しか扱えないからです。RGBスライダ等が使えてしまうので勘違いしやすいんですが、CMYKドキュメントで固定されるのはCMYK値だけです。

カラーコード（RGB）で「発色」を指定すると、その色をできるだけ保つCMYK値にプロファイル変換されます（下図上）

別のオブジェクトを触ってから、元のオブジェクトを触ると、CMYK値は変わらず、カラーコード欄に出てくるのは「そのCMYK値の色をRGB値で出すための数値」に、CMYKから変換された数値です（下図下）

これは双方の環境を揃えたとしても変わりません。CMYKドキュメントでのRGB指定はこういうことが必ず行われます。これが原理原則だからです。

 あと、RGB値で指定してプロファイル変換されたCMYK値そのままで印刷に回すのはお勧めできません。

例えばこの数値には、K（黒）が6.3%とごく少量入っていますが、このような少量の不要色は、色を濁す原因でもあります。印刷すると思っていたよりくすむ原因のひとつが、こういったRGB値での指定をして、不要色が入ることによるものです。

そうならないように、例えばこの茶色なら無彩色で明度を落とせるKを上手く使って、CMYKのうち色のMYの二色をK（黒）で暗くする……といったCMYK値指定を行えば、ロゴのようなものでも、どこで刷っても大きく印象が変わらないようにできます（下図）。

…まとめると、

・CMYKドキュメントでRGBカラーコード指定してもCMYK値に変換される

・CMYKドキュメントなので、RGBの数値やスライダの表示は、CMYKからその場で変換された見せかけの値である

・RGB指定で作ったCMYK値は、微妙な反対色が混ざるので（特にロゴ等では）適さない。CMYK値で直接色指定すべき

ですね。もちろん上記のリスクを踏まえた上であえてRGB（スライダ、HSB、カラーコード）を使うのもご自身の判断ではありますが、ロゴということですから……私はそのやり方は止めた方がいいだろうな、と思います。

>CMYK数値を入力すると違うカラーコードが表示されます

文中の「カラーコード」とは、CMYK値ではなく RGB値（#FF0000とか）など別のもののことでしょうか？

ドキュメントがCMYKモード、

カラーパネルがCMYKモード、

CMYKそれぞれの欄に 0~100% で入力

という条件で、保存して閉じてまた開いたら値が変わっていた、という話なら謎めいてきますが、

そうでなければ説明はつきます。