クリッピングマスクをかけ、保存後に開くと、解除されてグループ化されてしまいます。

その、いただいたaiですが、別のソフトからのインポートや、バージョン違いの変換、Illustratorの編集情報の残っていないPDFを開くなど、単純にIllustrator上の操作で作成しただけではない、ちょっとイレギュラーな状態になっているのではないかと思います。

今回起きたような現象以外にもいろいろヘンなことが起きますので、見た目や編集可能な状態をなるべく維持しつつ、できるだけトラブルが起きにくい状態となるよう、わかる範囲で対処（解除するなど単純な状態にデータ整理）してあげてください。印刷等の後工程で異常が発生しやすいデータになってしまいますので……。

なお、有償のサードパーティ製品ですが、Astute Graphics の VectorFirstAid という、そういったデータをキレイに直すためのソフトウェア（プラグイン）もあります。かなりうまく修復してくれますが、使わないで済むに越したことはないですよね……。今回は不要と思いますが、覚えておくと役に立つかもしれません……。