シンボルが全て分割され、パレットからも全て消えているのですがなぜでしょう？

一番最初の保存バージョンが実はもっと古いバージョンで、上書き保存を継続しているとかないでしょうか。

その際にはバージョン確認ダイアログなどなく、古い形式のまま保存されるので、意図しない変更が生じる場合はあります。

monokanoさんの説明に補足となりますが、Illustratorの編集機能を保持しない状態で保存したPDFを開いた可能性も考えられます。一度でも互換性を損なう形式で保存した場合にはそのような状態となります。

私の知る限りですが、CC 2018でそのような症状は報告されていません。

現時点ではtomtamさんがファイル操作を誤った可能性が高いと考えるところです。

たとえば、CCのファイルをCS6で開いてしまったとか。