フォントのアウトライン化前後で、プリンタ出力時の色が微妙に変わってしまう。

影響があるとしたらアピアランスくらいしか考えにくいところにはなります。

CS6で文字をアウトラインした後、別名保存したら一部文字の色が変わっていた事はありますか？

またデータとして確認する場合は下記を踏まえてみてください。

• Illustrator上の分版プレビューで前後状態を確認
• （出力がPSプリンターとして）PSファイルを書き出し、Distillerで PDF化し、Acrobat Proの出力プレビューで確認
• プリンター側の設定で関連するものがないかどうかチェック

一般には考えられない現象なので、どこかの勘違いかバグか、という事になるのでしょうけど、

他の方の投稿を参考になさって、作業環境の明記が必要になるところです。

DOC-9232

確認したいことはいくつかあるのですが、

・「赤ベタ」の正体は何でしょう？　画像などではなく、塗りのついたIllustrator上の図形オブジェクト？

・「赤」の詳細は？　RGBかCMYKか、いずれにしても背景とテキスト、それぞれカラー値が一致しているのでしょうか？

・「オーバープリントプレビュー」では確認されたでしょうか？

　例えオーバープリント、透明効果、アピアランスなど一切使用していない自覚がある上でも、

　ふだんの見た目はあくまでも「プレビュー」ですので、より正確に出力結果をシミュレートするにはオーバープリントプレビューによる確認が欠かせないところです。

言うまでもないこと、と省略されたのかもしれませんが、

書かれなかった事については私たち誰もわかりませんので、まずは確認してみてください。

検証はそれからではないでしょうか。