フォント（MSゴシック）が消え、それまでの文字が□になる

私なら、まずsafe mode起動...かな。

で、似た事例（Acrobatでの話ですが）が、クラリスのサイトにありました。

いくつかのフォントが読み取れない .tmp フォントに置き換わる

で検索してみてください。同様の対処方法で改善するかもしれません。

Windows 11+Ver.29.0.0の環境を使っていますが正常に見えています。

他のソフトでMSゴシックは選択できるでしょうか。

その場合はIllusttrator自体を再インストール（アンインストール時に環境設定も削除）したほうがいいかもしれません。

質問する際には利用バージョン等を含む状況などは具体的に記載されたほうがいいでしょう。

質問テンプレートも参考にしてみてください。