リンクパネル内のファイルが削除または修正されました。リンクファイルを更新しますか。

リンクされている各ファイルはどこに置いているでしょうか。

通常は頻繁に表示されることはないはずなので、リンクしている各ファイルがどうなっているか、次第ということになります。

ファイルがもし問題ない場合とした場合、いったん保存後、aiファイルとリンクファイルを同一フォルダ内に置いたうえで、別の場所に移動させて開いた場合の結果を確認することになります。

なお質問される際にはOSバージョンなどの環境も記載しましょう。