レイヤー付きPDFをレイヤー分けのままイラストレーターで読み込みたい。

Illustratorの編集機能を保持していないPDFを読み込む場合、互換性がありませんので、統合された状態で取り込まれるのは仕様上仕方の無いところです。

Acrobatで、レイヤーを一つだけ表示した状態にし、レイヤーを統合して保存する作業を、レイヤーの数だけ繰り返し、出来上がったそれぞれのPDFをIllustratorで読み込むのが最良かと思います。

この作業を何度も繰り返さなければならない場合は、Acrobatのスクリプトや、Illustratorのスクリプトが助けになるかと思います。探せば目的のものがあるかもしれませんが、自分で書いた方が早いかも……。