文字をパスの自由変形をしたとき元の文字が消えず残ってしまう。

元の文字が残って見えると言うことですが、もしかしてアピアランスで複数の塗りを設定していて、そのうちの一つだけを変形していると言うことはないですか？

もしくは、「文字」属性に何らかの塗りを設定していて、さらに追加した別の「塗り」だけを変形しているとか。

文字の形は「塗り」によって表示されていますが、塗りには

・デフォルトで用意されている、１文字ごとに設定できる「文字」の塗り

があり、さらにアピアランスによって文字オブジェクト全体に設定できる「塗り」を複数設定できます。

パスの自由変形などの「効果」は、塗りごとに別個に設定できるので、一つの塗りだけを選択して効果をかけると、選択していない塗りは取り残されますので画像のような感じになるかと思います。

 あと、次からでいいのですが、お使いのOSとそのバージョン、Illustratorのバージョンも書くようにしてください。

バージョンやOSとの組み合わせによって出る不具合などもありますので。

この状態のときのレイヤーパネルを見せてもらえますか？