楕円形ツールにて細い線で円を書いた場合

おふたりともご丁寧にお教えいただき、ありがとうございました。

お教えいただいた通りにして解決しました。

誠にありがとうございました。

それはKatayanagiさんの指摘の通りGPUプレビューの誤差です。GPUプレビューは精度を犠牲にして描画を早くする仕組みです。
基本的なところですがIllustratorの場合、基本の解像度が800ppiです。なので、線の太さでいうと0.09ptが基本解像度の限界です。もちろんそれ以下の入力は可能ですが、GPUによるプレビューのレンダリング解像度がそのように設定されていますからごく小さな値ではレンダリング結果に誤差が生じたりします。ちなみに、0.001ptの線幅は0.0003527mmですから一般的な刷版出力が2500dpi=1ドット0.01mmなので刷版への出力も出来ません。
こういった極端な精度を要求するデータを作成する場合はCPUプレビューを利用するようにしてください。