画像の埋め込み方法

実際にやってみるとわかりますが、ドキュメント間でコピー＆ペーストをしても、コピー元の状態に依存します。

なので、リンクの場合はリンク保持、埋め込み済みの場合は埋め込み状態でペーストされます。

リンクのままで埋め込みしたい場合、コントロールパネルやリンクパネルで埋め込みです。

ただ、何のために埋め込みするのか、もあります。

作業でいえばリンクのままにしておいたほうが問題は少ないですし、もし印刷出力用としても特殊な理由がある場合を除き、PDF/Xとして書き出すか、ネイティブが必要な場合はパッケージで収集したりするためです。