配置画像が勝手に拡大されて位置もズレる件

これだけではちょっと判断はできないところだと思います。

CCで作成は具体的にどんなバージョンなのか、そのepsは何で作られたのか、というところがあるためです。

2020としてもバージョンの確認が欠かせないところです。

もっとも、特定epsが要因の場合は、その部分だけ修正するなどをするしかないでしょう。

あわせて、eps自体がすでに非推奨のレガシー形式ですから、今後は別形式に置き換えて運用がベターです。

（Photoshopならpsd、Illustratorならai形式など）

https://blog.adobe.com/jp/publish/2020/12/09/cc-design-printguide-2021.html