2色印刷用のデータをPDFファイルで入稿したい

一応、EPS保存での「ポストスクリプトカラーマネージメント」のオンとオフのY版の違いの画像をアップしておきますね。

これはPDFファイルをPhotoShopで擬似的にRIPでのラスタライズを再現したものです。

上がオフで、下がオンです。

下は、何も無いはずのY版にうっすらと網点が生成されていることがわかると思います。

PDF保存時のJpegカラーノイズならば1〜2%程度で薄っすらも見えないかと思いますので、おそらくこれでは無いでしょうか。

ん、よく読んでみますと（よく読んでいなくてすみません...）、Y版が薄く出るとのことですが、

そこまでの変化があるとしたら、Jepg圧縮以前の問題で、EPS保存時のポストスクリプトカラーマネージメントのチェックボックスがONになっているのじゃ無いでしょうか。

EPS画像を運用するときは、基本的に保存時のチェックボックスは全てOFFにします。（していました。）

雑に検証してみたのですが，assauseさんが書かれているように再サンプル時のJPEG圧縮が影響しているように思いました。

貼り込み画像のEPSオプションのエンコーディングをJPEGに変更するか，PDF保存時の圧縮をなしにすればいけそうな感じでした。

データが正しいなら、埋め込みにするとイケる気がします

「配置しているEPS画像もC版とM版にしか色がない状態」ならグレースケールで作って、Illustrator上で着した方がいいのでは？

JPEG圧縮されてしまっているのではないでしょうか。

プリセットのPDF/X-1aを使うと、450ppiを超える画像は300ppiに強制ダウンサンプルされたうえでJPEG圧縮されます。

よって適正な解像度にリサイズして配置するか、ダウンサンプルされないようなPDF設定にカスタマイズすることが必要です。

なお現状ではEPS自体推奨されない形式です。

出力関連とデータ作成等については、PDF&出力の手引きを一読されることをおすすめすると同時に、PDF設定（joboptionsファイル）は出力側から受け取るのがより適正といえます。