Aiに埋め込んだ画像のインク使用量が300以上になってしまう。

バージョン記載がないので、いちおう補足として

過去のバージョン（古すぎて覚えていませんが、たしかCS3だか4だかまで）では、スポイトで色を拾いたい場所の前面に別のオブジェクトのマスク外領域がかぶっていると画面表示されたRGB値を拾ってしまう特性というか仕様がありました。

この場合、カラーパネルがCMYKの場合、それなりに変換された値を返します。

今回の件に当てはまらないかもしれませんが、まあいちおう。

スポイトツールを利用せず、PDF/Xにした後にAcrobatの出力プレビューでチェックしてみてください。

1. PhotoshopではどのようにしてTAC値を落としましたか。また保存方法は？
2. Illustratorのカラー設定はどのプリセットになっていますか。
3. 埋め込みの際、カラー警告は表示されましたか。された場合、どの選択肢を選びましたか。