Aiファイルで保存したのにPDFになる

単純に、拡張子の関連付けがAcrobatなどになっているということはないでしょうか。

その場合は拡張子がaiでも関連付けでの表示が優先されるのと同時に、

設定変更していない限りはPDF互換として保存されるので、Acrobatでも表示できてしまいます。

なお質問される際はOSバージョンや具体的な利用バージョンなどを記載しましょう。

下記のジャパンフォーラムの使い方なども参考にしてください。

Adobe Japan Forumsへようこそ！

Windowsをお使いの場合、拡張子を表示させてみて下さい。

Illustratorのドキュメントを操作しているつもりでも、PDFファイルを操作している可能性があります。