CS6を使っています。楕円形ツールから長方形ツールへ変更が出来ません。

CS6は，OSのバージョンによっては再インストールが難しいことも考えられますし，またアップデータの提供が終了しているバージョンなため，原因がIllustratorの不具合だとしたらやっかいですね。

ツールショートカット（長方形：M　楕円形：L）などもあります。

キーボード操作でツールを切り替えられますよ。

CS6でも最新でもツール切り替えは同じです。

ツールバーアイコン長押しまたはoption（Winの人ですか？ならAlt）を押しながらクリックで切り替わります。

それができない、ということでしたら、どこを操作してできなかったのか、その際なにかのエラーが出たのか、Macで使っているのかWinなのか等の環境情報を提示してください。