IllustratorからPDFに保存すると一部のたまにぼかし効果が無効になる

イラストレーターのバージョンは何でしょう？またPCやOSなどの環境もあった方が回答がつくかもしれませんね。

まれに発生するということから単純に考えると、メモリが不足しているパターンが考えられます。

Illustrator以外のアプリを終了して読むたり、背景に配置している画像の解像度を低下させてみたり、メモリ負荷が減るようにしてみてはいかがでしょうか。