Illustratorスクリプト：開いている全てのファイルに処理をしたい

基本的にアクティブな対象を操作するような構成は、ajabonさんご指摘のような事があるので筋が悪いです。できればmonokanoさんご指摘のような構成方法で処理を書く方が安全なものになるでしょう。どうしてもアクティブなドキュメントの処理が必要な場合は、最初にドキュメントコレクションを得たときに各ドキュメントのnameプロパティを取っておいてgetByNameでドキュメントを指定しながらループをまわすという手もあります。

2021でちょっとやってみたですが、

var docObj = app.documents;
for (i=0 ; i < docObj.length ; i++) {
    alert(docObj[i].name);
    app.activeDocument = docObj [i];
};

これだとひととおり処理されました。

var docObj = app.documents;
for (i=0 ; i < docObj.length ; i++) {
    app.activeDocument = docObj [i];
    alert(docObj[i].name);
};

このように行を入れ替えてみたら、最初に前面にあるドキュメントしか処理されませんでした。

これで手元の不具合と条件合ってるでしょうか？

documents配列にはドキュメントが一定の順序で入っているんですが、

app.activeDocument = 　でどれかを前面に持ってくると順序が変わります。

で、変数 i が1ずつ加算されていくのと並行して最初に[0]にいたドキュメントが1つずつ背面に送られていくので、ずっと同じドキュメントを相手にする結果となります。

この流れを確認するやつ書きました。試してみてください。

var docObj = app.documents;
for (i=0 ; i < docObj.length ; i++) {
    app.activeDocument = docObj [i];
    
    //確認
    str = "i = " + i + "\n";
    for(j=0 ; j < docObj.length ; j++) {
        str += "[" + j + "] = " + docObj[j].name + "\n";
    }
    alert(str);

};

とかだらだら書いてる間に正解出たようですが……

・変数 i のループを降順（後ろから）にする

var docObj = app.documents;
for (i=docObj.length - 1 ; i >= 0 ; i--) {
    app.activeDocument = docObj [i];
    
    //確認
    str = "i = " + i + "\n";
    for(j=0 ; j < docObj.length ; j++) {
        str += "[" + j + "] = " + docObj[j].name + "\n";
    }
    alert(str);

};

というのもあります。

for文ではちゃんと全ドキュメントにアクセスできていますよ。

app.activeDocument = docObj[i];

いちいちドキュメントを最前面にせず、

var aDoc = docObj[i];
alert(aDoc.name);

docObj[i] を変数に代入してから処理をした方が良いかもしれません。